为了让生产水质不受其它给水系统的污染，无尘厂房的给水系统应根据生产、生活、消防等用途分别设置，其中，生产用水可根据生产线的数量，分别设置，建议生产线的给水系统开始处应设置检修阀门和计量水表，以便进行检修和成本核算。
　　无尘厂房内排水应清污分流，净化区排水与非净化区排水应分开，集中到厂区污水处理站的生产废水，应就近经、去硫酸铵及蒸汽灭活处理后，与其他污废水混合，排入厂区污水处理站，并经集中处理后，排入厂区污水处理厂。
　　无尘厂房净化时，对于管道材料的选择，一般采用镀锌钢管，考虑到洁净环境，选择的管材应具有良好的化学稳定性，以在输送过程中水质下降小，以及管道内外壁应尽可能光洁，管道及管件的街面应保持平整，以让水流具有良好的水力性能，减少颗粒的沉积和微生物的滋生，建议水管采用聚丙烯管或不锈钢管。
　　排水材料的选择，应根据排水水质的特点，一般原则为：连续排水温度不高于40℃时，选用PVC排水管，具有化学稳定性不错、水力性能好等优点；当连续排水温度在40~80℃时，建议采用耐温性能较高、水力性能和化学稳定性较好的玻纤增强聚丙烯排水管；连续排水温度在80℃以上时，建议采用排水铸铁管，但应注意防腐处理。